O대학의 서 교수는 ‘G연구과제’의 성과 발표를 위해 부산에서 열리는 국내 학회에 참석할 예정이었다. 그는 비용 절감을 위해 행사일로부터 수 주 전, 오전 9시에 출발하는 저가 항공편을 예매해 두었다.

그러나 출장 전날, 서 교수는 학회에 같이 참석하는 다른 대학 소속 동료와 연락하던 중, 그 동료가 오후 1시 비행기를 탄다는 사실을 알게 되었다. 서 교수는 동료와 함께 이동하는 것이 더 편리하겠다는 생각에, 이미 예약했던 오전 9시 항공권을 즉흥적으로 오후 1시 항공권으로 변경하였다.

이 과정에서 항공권 변경에 따른 수수료 XXX 원이 발생하였고, 서 교수는 출장 복귀 후 여비 정산을 신청하면서 이 변경 수수료까지 포함하여 교통비를 청구하였다.

[관련지침]
24년도 국가연구개발혁신법 매뉴얼
연구활동비-사용기준-공통사용기준
- 연구실 운영에 필요한 소모성 비용은 연구개발비 중 다른 사용용도에 계상할 수 없는 비용으로 연구개발과제 수행 시 연구실 운영에 필요한 경비를 말함. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액에 대하여는 연구실 운영에 필요한 소모성 비용을 계상 및 사용할 수 없음
➍ 과태료, 벌금, 단순실수나 부주의로 인한 취소수수료

[정산결과]
변심에 의한 변경 또는 취소수수료 불인정

U대학교 소속 김 박사(박사후연구원)는 월 급여 500만 원(100% 참여 기준)을 받는 조건으로, 아래와 같이 두 개의 과제에 참여하고 있었다.

A 과제: 참여율 50% (월 인건비 250만 원 부담)

B 과제: 참여율 50% (월 인건비 250만 원 부담)

그런데 6월 말을 끝으로 B 과제가 성공적으로 종료되었다. 이에 따라 7월부터 김 박사는 A 과제에만 참여하게 되었고, 그의 7월 실제 총 지급 급여는 A과제에서 전액 부담하는 250만 원이 되었다.

그러나 해당 연구기관은 참여율 변경 신청을 깜빡했다. 그 결과, 연구비 관리 시스템상 김 박사의 A과제 참여율은 여전히 50%로 남아 있었다.

대학 행정팀은 7월에 김 박사에게 실제 지급된 250만 원 전액을 A과제 인건비로 집행 처리했다.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제39조(정부출연기관 인건비 사용기준)
① 정부출연기관의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 연 단위로 다음의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다.




제48조(대학 인건비 사용기준)
① 대학의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 월 단위로 제39조제1항의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다. 다만, 제39조제1항의 계산식에서 "연 급여"는 "월 급여"로 본다.
제65조(영리기관 인건비 사용기준)
① 영리기관의 장은 참여연구자의 인건비를 월 단위로 다음의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다.





[정산결과]
인건비 한도 초과집행액 불인정

A대학의 B교수는 ‘OOO 기술 개발’ 과제를 수행하고 있었다. 마침 이 과제에 적합한 C연구원을 채용하여, 특정 월 1일부터 과제의 공식 참여연구원으로 등록하기로 확정했다.

그런데 과제와 아주 밀접한 주제의 국내 학회가 공교롭게도 C연구원의 공식 합류 직전인 이전 달 28일부터 30일까지 개최되었다. B교수는 새로 올 C연구원이 학회에 미리 참석해서 최신 동향을 파악하면 과제 수행에 큰 도움이 될 것이라고 판단했다.

B교수는 C연구원에게 “과제에 필요한 출장이니 걱정 말고 다녀와라”라고 말하며 출장을 지시했다. C연구원은 학회에 다녀왔고, 해당 월 1일부로 과제에 정식으로 합류했다. 그 후, 연구실 행정 담당자는 이전 달에 발생한 C연구원의 출장비(항공권, 숙박비 등) 영수증을 모아 ‘OOO 기술 개발’ 과제 연구비로 상신하였다.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑭ 연구개발기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액에 대하여는 연구인력 지원비를 계상하여서는 아니 된다.
아니 된다.
1. 참여연구자 및 연구근접지원인력이 아닌 자의 연구인력 지원비(단, 연구개발인력 양성을 목적으로 하는 연구개발과제의 경우 지원대상 인력에 대한 비용은 제외한다)

[정산결과]
미참여 연구원에게 지급된 출장비 불인정

IT 기업인 A기업의 내부 여비규정에는, 모든 임직원의 출장 시 아래와 같은 비용 상한액이 명시되어 있었다.

철도 운임: KTX 일반실 요금 기준

숙박비: 법인 계약 호텔 또는 1박 당 10만 원 이내

이 회사 부설연구소의 B팀장은 국가 R&D 과제인 **‘OOO 플랫폼 개발’**의 총괄 책임자로서, 기술 교류를 위해 지방으로 출장을 갔다. B팀장은 ‘회사를 대표하는 팀장인데 이 정도는 괜찮겠지’라는 생각에, 좀 더 편안한 KTX 특실(11만 원)을 이용하였고, 새로 생긴 시내 중심가의 호텔(1박 15만 원)에 숙박하였다. (해당 구간 KTX 일반실은 7.5만 원이었다.)

출장 복귀 후, B팀장은 실제 사용한 영수증(KTX 11만 원, 숙박비 15만 원)을 첨부하여 과제 연구비로 경비 처리를 요청했다.IT 기업인 A기업의 내부 여비규정에는, 모든 임직원의 출장 시 아래와 같은 비용 상한액이 명시되어 있었다.

철도 운임: KTX 일반실 요금 기준

숙박비: 법인 계약 호텔 또는 1박 당 10만 원 이내

이 회사 부설연구소의 B팀장은 국가 R&D 과제인 **‘OOO 플랫폼 개발’**의 총괄 책임자로서, 기술 교류를 위해 지방으로 출장을 갔다. B팀장은 ‘회사를 대표하는 팀장인데 이 정도는 괜찮겠지’라는 생각에, 좀 더 편안한 KTX 특실(11만 원)을 이용하였고, 새로 생긴 시내 중심가의 호텔(1박 15만 원)에 숙박하였다. (해당 구간 KTX 일반실은 7.5만 원이었다.)

출장 복귀 후, B팀장은 실제 사용한 영수증(KTX 11만 원, 숙박비 15만 원)을 첨부하여 과제 연구비로 경비 처리를 요청했다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준[시행 2025. 3. 6.] [과학기술정보통신부고시 제2025-9호, 2025. 3. 6., 일부개정]
제21조(연구개발비 공통 계상기준) ① 연구개발기관의 장은 직접비로 해당 연구개발과제 수행에 필요한 금액을 계상하여야 한다.
③ 연구개발기관의 장은 제1항ㆍ제2항에 따른 계상이 필요한 금액을 산출하기 어려운 경우, 연구개발비 사용에 관한 자체규정에 따라 해당 금액을 계상하여야 한다. 이 경우 자체규정에 따라 국가연구개발사업에 적용되는 금액이 그 외의 경우에 적용되는 금액보다 높아서는 아니 된다.

제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 출장비를 다음 각 호에 따라 계상하여야 하며, 연구개발과제 수행을 위해 소속기관 이외의 기관으로 파견 또는 소속기관으로 전보되는 인력에 대한 파견ㆍ전보ㆍ주거 관련 지원 비용을 계상하려는 경우에는 중앙행정기관의 장의 인정을 받아야 한다.
1. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원인 경우: 「공무원 여비 규정」에 따라 계상
2. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원이 아닌 경우: 연구개발기관의 자체규정 또는 「공무원 여비 규정」중 선택하여 계상

[정산결과]
출장비는 수행기관 규정에 따라 계상되어야 하므로 규정을 초과하여 집행된 출장비에 대해 초과분 불인정

사례. 기술도입비 중복집행
동일한 기술에 대한 중복 집행

[관련지침]
국가연구개발혁신법 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 중복계상으로 발생하는 비용
가. 동일한 비용을 2회 이상 중복계상
나. 동일한 비용을 현금과 현물로 중복계상
다. 동일한 비용을 직접비와 간접비로 중복계상
[정산결과]
중복사용액 불인정

사례. 단계종료일 이후에 해당하는 학회 연회비
연구개발 단계 종료일 이후 기간의 학회 연회비를 결제함.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
① 연구개발기관의 장은 직접비로 해당 연구개발과제 수행에 필요한 금액을 계상하여야 한다.

[정산결과]
연구개발과제 수행기간에 포함되지 않는 학회 연회비 불인정

사례. 연구개발기간 초과하여 구입한 소프트웨어 사용료 집행

[관련지침]
연구개발기관의 장은 소프트웨어(데이터베이스와 네트워크를 포함) 사용계약기간이 연구개발 과제의 연구개발기간을 초과하더라도 소프트웨어 사용계약기간이 최소 단위임을 소명하는 경우에는 소프트웨어 활용비를 해당 사용계약기간에 대한 계약금액 전부로 계상할 수 있음.

[정산결과]
연구개발기간외 사용료는 불인정처리 함

사례. 연구과제와의 직접적인 관련성이 없는 연구환경유지비 집행한 사례

[관련지침]
국가연구개발혁신법
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용

[정산결과]
비영리기관의 연구환경유지비를 위한 정수기,공기청정기 사용은 과제와의 직접적인 관련성이 부족해 보여 불인정 처리 함

사례. 유흥업소 등에서 상세내역을 확인할 수 없는 회의비 집행

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제21조(연구개발비 공통 계상기준) ① 연구개발기관의 장은 직접비로 해당 연구개발과제 수행에 필요한 금액을 계상하여야 한다.
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
2. 주류 등 유흥성 비용

[정산결과]
주류 및 유흥성 사업장에서 사용한 회의비 불인정

사례. 국내여비 식비와 회의비 중복집행

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제21조(연구활동비 공통 사용기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 중복계상으로 발생하는 비용
가. 동일한 비용을 2회 이상 중복계상
[정산결과]
국내여비 식비와 회의비 중복집행 금액 불인정

사례. 여비로 집행한 취소수수료
부득이한 사유 없는 운임 등에 대한 취소 수수료

[관련지침]
1) 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제22조(연구개발비 공통 인정기준)
② 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용(재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유 발생에 따라 물품 및 서비스를 위한 계약이 취소ㆍ변경되어 수수료 등 부대비용이 발생하여 사용한 것을 포함한다)을 입증할 증명자료를 갖추어야 한다.

2) 24년도 국가연구개발혁신법 매뉴얼
제7절 연구활동비 사용용도 및 사용기준
나)사용기준-공통사용기준
- 연구실 운영에 필요한 소모성 비용은 연구개발비 중 다른 사용용도에 계상할 수 없는 비용으로 연구개발과제 수행 시 연구실 운영에 필요한 경비를 말함. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액에 대하여는 연구실 운영에 필요한 소모성 비용을 계상 및 사용할 수 없음
➍ 과태료, 벌금, 단순실수나 부주의로 인한 취소수수료

[정산결과]
재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유 발생에 따라 물품 및 서비스를 위한 계약이 취소ㆍ변경되어 수수료 등 부대비용이 발생하여 사용한 것이 아닌 변심에 의한 변경 및 취소로 확인됨에 따라 불인정

사례. 해당 연구개발과제의 연구수당 총 지급액의 70퍼센트를 초과하여 개인에게 지급한 금액

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제26조(연구수당 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 참여연구자가 2명 이상인 경우에 한 명의 참여연구자에게 해당 연구개발과제의 연구수당 계상액의 70퍼센트를 초과하여 연구수당을 지급하여서는 아니 된다.
[정산결과]
연구개발과제의 연구수당 총 지급액의 70퍼센트를 초과하여 개인에게 지급한 금액 불인정

사례. 영리기관의 환급받을 수 있는 부가가치세 집행
다수의 연구재료비에 대한 부가가치세를 연구과제 종료까지 미환원

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
1. 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등에 해당하는 금액(실제 환급받지 아니한 경우에도 해당한다)
[정산결과]
환급가능한 부가가치세 불인정

사례: 미참여 연구원의 연구활동비 사용

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 출장비를 다음 각 호에 따라 계상하여야 하며, 연구개발과제 수행을 위해 소속기관 이외의 기관으로 파견 또는 소속기관으로 전보되는 인력에 대한 파견ㆍ전보ㆍ주거 관련 지원 비용을 계상하려는 경우에는 중앙행정기관의 자으이 인정을 받아야 한다. 다만, 정부출연기관의 기본사업에 대해서는 정부출연기관의 장이 필요하다고 인정하는 경우 파견ㆍ전보ㆍ주거 관련 지원 비용을 계상할 수 있다.
1. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원인 경우: 「공무원 여비 규정」에 따라 계상
2. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원이 아닌 경우: 연구개발기관의 자체규정 또는 「공무원 여비 규정」중 큰 금액에 따라 계상
[정산결과]
미참여연구원 연구비 집행 불인정

사례: 영리기관이 직접비로 집행한 특허출원비용

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제17조(성과활용지원비 사용용도)
제5조제2항에 따른 성과활용지원비의 사용용도는 다음 각 호와 같다.
2. 지식재산권 출원ㆍ등록비 : 다음 각 목에 해당하는 비용
가. 연구개발기관에서 수행하는 국가연구개발사업과 관련된 지식재산권의 출원ㆍ등록ㆍ유지에 필요한 모든 비용
[정산결과]
직접비로 집행한 간접비성 경비 집행 불인정