OOO 기관의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'연구활동비'**로 '과제 홍보용 인쇄비' 2,880,000원이 XX인쇄에 집행된 것이 확인되었다. 해당 거래는 전자세금계산서로 증빙되었으나, 이는 연구 성과 홍보를 위한 활동으로 직접비가 아닌 간접비 집행 대상이어서 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
과제 성과를 외부에 알리는 '홍보물' 제작은 대표적인 '과학문화 활동'에 해당한다. 이러한 활동은 연구 과정 자체와는 구별되는 성과 활용 단계의 비용이므로, 직접비인 연구활동비가 아닌, 간접비의 성과활용지원비(과학문화활동비)로 집행하는 것이 타당하다.

[관련 규정]

국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제10조(연구활동비 사용용도): 연구활동비는 과제 수행에 '직접' 관련된 비용을 의미한다. 동 기준 제17조(성과활용지원비 사용용도) 과학문화활동비 항목에서 연구개발과제의 성과 홍보를 위한 홍보물 제작 비용 등은 간접비로 집행하도록 규정하고 있다.

사유에 대한 처리
집행된 연구개발비의 비목을 '연구활동비'에서 '간접비(성과활용지원비-과학문화활동비)'로 회계 처리를 정정하도록 요청함. (단, 정산 시점에 해당 과제의 간접비 예산 잔액을 초과할 경우, 초과분은 불인정될 수 있음.)

OOO 회사의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'간접비(지식재산권출원·등록비)'**로 '특허조사 및 회피 컨설팅' 비용 920,000원이 XX특허법률사무소에 집행된 것이 확인되었다. 해당 거래는 전자세금계산서로 증빙되었으나, 연구개발 활동의 일부인 특허조사 비용을 간접비로 집행하여 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
'특허조사' 및 '회피 설계 컨설팅'은 연구개발을 수행하는 과정에서 기술의 방향성을 정하고 독창성을 확보하기 위한 활동이다. 이는 연구 성과물을 보호하기 위한 '특허 출원·등록'과는 성격이 다르다. 따라서 해당 비용은 간접비가 아닌, 직접비인 연구활동비 내의 **'지식재산창출활동비'**로 집행하는 것이 타당하다.

[관련 규정]

국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제10조(연구활동비 사용용도) 1. 지식재산 창출 활동비: 기술ㆍ특허ㆍ표준 정보 조사ㆍ분석, 원천ㆍ핵심특허 확보전략 수립 등 지식재산 창출 활동에 필요한 비용을 직접비로 규정하고 있다. 동 기준 제17조(성과활용지원비 사용용도): 연구개발기관에서 수행하는 국가연구개발사업과 관련된 지식재산권의 출원ㆍ등록ㆍ유지에 필요한 모든 비용은 간접비로 규정되어 있어, 특허조사와는 명확히 구분된다

사유에 대한 처리
집행된 연구개발비의 비목을 '간접비'에서 '연구활동비(지식재산창출활동비)'로 회계 처리를 정정하도록 요청함.

OOO 회사의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'연구활동비'**로 '야근 식대' 54,550원이 XX맥주에서 카드 결제된 것이 확인되었다. 그러나 거래처가 식사가 아닌 주류 판매를 주된 목적으로 하는 **유흥성 업소(주점)**로 파악되어, 연구비 집행 장소의 적절성에 대한 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
연구개발비로 집행하는 식대는 연구원의 건전한 연구 환경 조성을 위해 식사를 주된 목적으로 하는 일반 음식점에서 사용하는 것이 원칙이다. 본 건과 같이 주류 판매를 주로 하는 주점(Pub)에서의 비용 집행은, 실제 식사 여부와 관계없이 유흥의 성격이 있는 것으로 간주된다. 이는 연구개발비의 건전한 사용 목적에 명백히 위배되는 부적정 집행이다.

[관련 규정]

산업기술혁신사업 공통 운영요령 [별표 6] 산업기술혁신사업 연구개발비 항목별 회수 기준 예시: 주류 등 유흥성 경비가 포함되어 있는 회의비 및 식대는 회수 대상이다

사유에 대한 처리
연구비 집행이 금지된 유흥성 업소에서 사용된 비용으로 판단하여, 해당 금액 54,550원에 대한 환원(회수) 조치를 요청함.

OOO 회사의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'연구활동비(외부 전문기술 활용비)'**로 '건설 재해예방 기술지도 용역' 비용 2,000,000원이 XX안전컨설팅에 집행된 것이 확인되었다. 해당 거래는 전자세금계산서로 증빙되었으나, 이는 법률에 따라 기관이 공통적으로 확보해야 할 안전관리 비용으로, 직접비가 아닌 간접비 집행 대상이어서 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
'건설 재해예방 기술지도'와 같은 안전관리 용역은 특정 연구과제에만 국한된 활동이 아닌, 관련 법률에 따라 연구실 전체의 안전 환경을 확보하고 유지하기 위한 공통 경비이다. 이는 기관이 전반적으로 책임져야 할 사항으로, 직접비가 아닌 간접비의 '연구실 안전관리비' 항목으로 집행하는 것이 원칙이다.

[관련 규정]

국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 제16조(연구지원비 사용용도) 4. 연구실안전관리비 : 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제22조제3항에 따라 확보해야 할 연구실의 안전 및 유지관리에 필요한 비용을 사용할 수 있다. 또한 연구실 안전환경 조성에 관한 법률 제22조(비용의 부담 등) 연구주체의 장은 연구과제 수행을 위한 연구비를 책정할 때 일정 비율 이상을 연구실 안전 관련 예산에 배정하여야 한다.

사유에 대한 처리
집행된 연구개발비의 비목을 '연구활동비'에서 '간접비(연구실 안전관리비)'로 회계 처리를 정정하도록 요청함.

OOO 회사의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'연구활동비'**로 '충전소 구축 공사' 계약금 476,050,000원이 XX종합기술에 집행된 것이 확인되었다. 해당 거래는 전자세금계산서로 증빙되었으나, 3천만 원을 월등히 초과하는 대규모 용역 계약임에도 불구하고 협약 당시 연구개발계획서에 전혀 반영되지 않은 것으로 파악되어 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
연구개발과제의 핵심적인 부분을 차지하는 고액의 외주 용역은, 과제의 예산 투명성 확보 및 성실한 계획 이행을 위해 반드시 사전에 연구개발계획서에 명시하여 전문기관의 승인을 받아야 한다. 본 건은 사전 계획 및 승인 절차를 완전히 누락한 채 4억 원이 넘는 초고액 용역을 임의로 집행한 중대한 규정 위반 사례이다. 또한, 계약금액의 변경 등이 발생할 경우에도 공식적인 협약변경 절차를 거쳐야 하나 이 또한 이행하지 않았다.

[관련 규정]

산업기술혁신사업 공통 운영요령 제30조 (연구개발비의 관리 및 사용) 제10항 외주 용역비는 연구개발과제의 핵심공정·기술개발에 해당하지 않는 경우에 한하며, 시제품·시작품·시험설비의 단순 가공·조립·제작, 시험·분석·검사 및 시설물(산촉법 제19조제1항 각호의 사업 수행을 위한 시설물에 한함)의 건축 등을 연구개발기관이 아닌 제3자에게 위탁하는 용도로 산정할 수 있다. 이때, 3,000만원(부가가치세 포함) 이상 외주 용역의 경우 협약 시 또는 다음단계 연구개발기간 시작시 연구개발계획서에 해당 용역의 내역 및 금액을 명시하여야 한다. 또한 동 요령 제27조(협약의 변경) 제2항 16. 3,000만원(부가가치세 포함) 이상인 외주 용역비를 원래계획과 다르게 변경하려는 경우 사전에 전문기관 장의 승인을 거쳐야 변경할 수 있다

사유에 대한 처리
협약 당시 제출한 연구개발계획서에 해당 용역 계획이 명시되었음을 증빙하거나, 사전에 전문기관으로부터 공식적인 협약변경 절차를 통해 승인받은 공문을 제출할 것을 요청함. 관련 증빙이 제출되지 않을 경우, 중대한 규정 위반으로 판단하여 해당 금액 476,050,000원에 대한 환원(회수) 조치를 검토함.

OOO 회사의 'OOO 과제' 연구비 집행 내역에서, **'연구활동비'**로 특정 부품(PO2024002125)을 135,473,000원에 XX코리아로부터 구매한 것이 확인되었다. 해당 거래는 전자세금계산서로 증빙되었으나, ①시제품 관련 부품 구매를 연구활동비로 집행한 비목 적용의 문제와 ②영리기관임에도 부가세를 포함하여 집행한 문제가 동시에 발견되어 정밀 검토 대상으로 분류되었다.

미흡 사유

[판단 근거]
첫째, 연구개발과제의 '시제품' 제작에 소요되는 부품 구입비는 인적 용역 중심의 연구활동비가 아닌, 유형의 결과물 제작에 해당하는 **연구재료비**로 집행하는 것이 타당하다. 둘째, 영리기관은 부가가치세법에 따라 매입세액 공제가 가능하므로, 연구개발비 집행 시 부가세를 제외한 공급가액만 청구해야 한다. 본 건은 상기 두 가지 사항을 모두 위반하여 부적정하게 집행되었다.

[관련 규정]

국가연구개발사업 연구개발비 사용기준 제9조(연구재료비 사용용도)는 연구재료 제작비: 시험제품ㆍ시험설비 제작(자체제작과 외부제작을 모두 포함한다) 비용을 포함한다. 또한 동 기준 제21조(연구개발비 공통 계상기준) 제4항 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등에 해당하는 금액(실제 환급받지 아니한 경우에도 해당한다)은 연구개발비로 계상하여서는 아니된다

사유에 대한 처리
①부가세에 해당하는 금액의 환원(회수) 조치와, ②집행된 연구개발비의 비목을 '연구활동비'에서 '연구재료비'로 회계 처리 정정 등 두 가지 사항에 대한 시정을 요청함.

A 대학 소속 B 연구원은 과제 수행을 위해 예약했던 KTX 승차권을 개인적인 사유로 취소하면서 발생한 수수료를 연구비로 청구하였다.

B 연구원은 ‘차세대 유전자 가위 기술 동향 분석’을 위한 전문가 자문회의 참석 목적으로 서울-대전 간 KTX 승차권을 사전에 예매했다. 그러나 출장 전날, 가족의 긴급한 병간호가 필요하게 되어 출장 계획을 취소했다. 이 과정에서 승차권 취소 수수료 5,000원이 발생하자, B 연구원은 원래의 출장이 과제 수행의 일환이었음을 근거로 해당 수수료를 연구활동비(여비)로 집행해달라고 정산 시스템에 등록하였다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제22조(연구개발비 공통 인정기준)
① 연구개발기관의 장은 연구개발비를 계상한 바에 따라 사용하여야 한다.
② 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용(재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유 발생에 따라 물품 및 서비스를 위한 계약이 취소ㆍ변경되어 수수료 등 부대비용이 발생하여 사용한 것을 포함한다)을 입증할 증명자료를 갖추어야 한다.
[정산결과]
연구과제와 관련없이 개인의 과실로 인해 발생한 취소수수료 집행 불인정

A대학교의 박 모 교수는 ‘인공지능 기반 신약 후보물질 발굴’ 과제의 연구책임자로서, 2차 연도 과제 수행 결과에 따라 책정된 연구수당 총액 2,000만 원에 대한 배분을 진행하였다.

박 교수는 참여연구원들의 기여도에 대한 객관적인 평가 절차를 생략한 채, 본인의 기여도를 가장 높게 판단하여 총액의 75%에 해당하는 1,500만 원을 자신에게 배정하였다. 이후 나머지 500만 원을 타 참여연구원들에게 배분하는 내용의 지급 신청서를 대학 연구비 중앙 관리 부서에 제출하였다.

대학의 연구비 관리 시스템은 해당 지급 요청을 처리하는 과정에서, 박 교수의 개인별 지급 신청액(1,500만 원)이 연구수당 총액(2,000만 원)의 70% 한도(1,400만 원)를 초과함을 자동 식별하였다. 이에 시스템은 지급 절차를 즉시 보류하고, 관리자에게 해당 규정 위반 의심 건에 대한 검토 알림을 통보하였다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제26조(연구수당 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 참여연구자가 2명 이상인 경우에 한 명의 참여연구자에게 해당 연구개발과제의 연구수당 계상액의 70퍼센트를 초과하여 연구수당을 지급하여서는 아니 된다.
[정산결과]
연구개발과제의 연구수당 총 지급액의 70퍼센트를 초과하여 개인에게 지급한 금액 불인정

주관연구기관인 A대학교는 연구과제의 일부인 ‘특정 단백질의 효능 검증’ 부분을 B바이오(영리기업)에 위탁하여 수행하기로 계약하였다. 계약된 위탁연구개발비 총액은 1억 1천만 원이었다.

과업이 종료된 후, 위탁연구기관인 B바이오는 A대학교 측에 아래와 같이 세금계산서를 발행하여 청구하였다.

공급가액: 100,000,000원
부가가치세: 10,000,000원
실사용공급가액 : 99,857,995원

A대학교의 연구비 정산 담당자는 세금계산서 상의 합계 금액 1억 1천만 원 전액을 연구개발비 계좌에서 B바이오 측으로 이체하여 지급을 완료하였다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법 제16조제3항 연구개발성과를 국가 소유로 하는 연구개발과제의 경우 부가가치세 부과 대상

[진행]
영리기관에서 연구비 잔액에 대한 매출 부가가치세를 모두 집행

[정산결과]
연구비 잔액에 대해 집행한 매출 부가가치세 불인정

G 대학 의생명연구센터의 김 교수는 연구과제 수행에 필수적인 ‘실시간 세포 영상 현미경 시스템’을 구매하고자 했다. 공급업체로부터 받은 견적서 상 총 금액은 부대비용을 포함하여 3,850만 원이었다. 이 시스템은 현미경 본체(2,950만 원)와 시스템 구동 및 데이터 분석에 필수적인 전용 소프트웨어 및 특수 렌즈 세트(900만 원)로 구성되어 있었다.

현행 규정상 3천만 원 이상의 연구장비는 연구기관 내 심의위원회의 사전 심의를 받아야 하지만, 그 절차가 복잡하고 시간이 오래 걸릴 것을 우려한 김 교수는 이를 회피하기로 마음먹었다.

김 교수는 행정 담당자에게 지시하여, 동일한 공급업체에 두 건으로 나누어 발주하도록 하였다.

거래 1: 현미경 본체 (2,950만 원) → ‘연구시설·장비비’로 집행

거래 2: 전용 소프트웨어 및 렌즈 세트 (900만 원) → ‘연구재료비’로 품목을 허위 기재하여 집행

결과적으로 두 거래 모두 3천만 원 미만으로 처리되어, 심의위원회 심의를 거치지 않고 장비 구매가 완료되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제73조(사전 승인 대상)
① 법 제13조제4항제3호에 따라 연구개발비 사용계획의 변경을 위하여 중앙행정기관의 장의 사전 승인이 필요한 경우는 다음 각 호와 같다.
5. 연구시설ㆍ장비비와 관련된 변경 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 원래계획에 반영되지 아니한 3천만 원(부가가치세 및 구입ㆍ설치 등에 필요한 부대비용을 포함한다) 이상이 소요되는 연구시설ㆍ장비를 새로 구입하거나 임차하려는 경우
[정산결과]
미승인된 부대비용을 포함 3천만원 이상 장비 불인정

주관연구기관인 ‘(주)가나다파마’는 혁신 신약 개발 과제를 수행하는 영리기업(과세사업자)이다. 이 회사는 과제 수행 중 아래와 같이 연구 장비와 재료를 구매하였다.

구매 1. 분석 장비: 2,200만 원 (공급가액 2,000만 원 + 부가가치세 200만 원)

구매 2. 실험 시약: 550만 원 (공급가액 500만 원 + 부가가치세 50만 원)

회사의 연구비 관리 담당자는 구매에 소요된 총액 2,750만 원 전체를 연구개발비(연구시설장비비, 연구재료비)로 회계 처리하였다.

한편, 회사의 재무팀은 분기별 법인세 및 부가가치세 신고 시, 회사가 사업을 위해 지출한 모든 매입세액을 집계하여 국세청에 신고하고 환급 절차를 진행했다. 여기에는 당연히 상기 연구과제를 위해 구매하며 지불했던 매입세액 250만 원도 포함되어 있었다.

결과적으로 (주)가나다파마는 동일한 부가가치세 250만 원에 대해 ①연구개발비 재원으로 한 번, ②국세청 환급으로 또 한 번, 총 두 번을 보전받게 되는 이중 수혜를 취한 셈이 되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
1. 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등에 해당하는 금액(실제 환급받지 아니한 경우에도 해당한다)
[정산결과]
환급가능한 부가가치세 불인정

A대학에서 수행하는 B연구과제(연구 기간: 2024.07.01. ~ 2025.06.30.)의 연구팀은 과제 막바지 데이터 분석을 위해 전문 통계 소프트웨어가 필요했다.

2025년 1월 10일, 연구팀은 해당 소프트웨어의 1년 사용 라이선스를 120만 원에 구매하였다. 이 소프트웨어의 사용 계약 기간은 구매일로부터 1년 뒤인 2026년 1월 9일까지였다.

그러나 해당 연구과제는 약 6개월 뒤인 2025년 6월 30일에 종료될 예정이었다. 연구비 담당자는 구매 시점의 필요성만 고려하여, 라이선스 사용 기간과 과제 잔여 기간의 불일치를 확인하지 않고 1년 치 사용료 120만 원 전액을 연구활동비로 집행 처리하였다.

[관련지침]
1) 국가연구개사업 연구개발비 사용 기준
제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑩ 연구개발기관의 장은 소프트웨어(데이터베이스와 네트워크를 포함한다) 사용계약기간이 연구개발과제의 연구개발기간을 초과하더라도 소프트웨어 사용계약기간이 최소 단위임을 소명하는 경우에는 소프트웨어 활용비를 해당 사용계약기간에 대한 계약금액 전부로 계상할 수 있다.

[정산결과]
사용계약기간 최소단위가 월단위임을 확인하여 연구개발기간을 초과한 기간분 불인정

H대학 의과대학 연구팀은 감염성 세포주를 이용하는 연구를 수행하고 있었다. 연구 과정에서 필연적으로 발생하는 오염된 페트리디쉬, 팁, 글러브 등 의료 폐기물을 안전하게 처리하기 위해 ‘생물학적 위험 폐기물 전용 처리 봉투(Biohazard Disposable Bags)’를 30만 원어치 구매하였다.

해당 물품을 구매한 연구원은, 이 폐기물들이 모두 연구 ‘재료’를 사용하여 발생한 것이므로 처리 용품 역시 재료비의 일부라는 자체적인 판단하에 비용 항목을 ‘연구재료비’로 선택하여 지출을 결의했다. 연구비 관리 부서 담당자는 별다른 검토 없이 해당 청구를 승인하여 집행이 완료되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용
[정산결과]
의료폐기물 봉투만 부분 불인정

K대학 화학공학과 이 교수 연구실에서는 3개의 서로 다른 국가연구개발과제가 동시에 수행되고 있었다. 해당 연구실 전체에 대한 전기요금은 별도의 계량기 없이 통합되어 고지되고 있었으며, 이 공간에는 여러 과제에서 공용으로 사용하는 장비, 기본 조명, 냉난방 기기 등이 혼재되어 있었다.

연말이 되자, 이 교수는 자신의 과제 중 가장 규모가 큰 ‘A과제’의 연구활동비 예산이 일부 남은 것을 확인했다. 그는 예산 소진 목적으로 최근 부과된 연구실 전체 전기요금 150만 원 중 50만 원을 A과제의 연구실 운영비 명목으로 집행하도록 지시했다. 이 금액(50만 원)은 A과제의 전기 사용량을 측정한 객관적인 데이터가 아닌, 이 교수의 임의적인 판단에 따라 책정된 것이었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용
[정산결과]
과제에 투입됨을 소명할 수 없는 영리기관의 연구실 운영비 불인정

M연구소는 ‘E과제’ 수행을 위해 2024년 3월 1일부로 연구원 최 씨를 1년 계약직으로 채용하였다. 연구소는 최 연구원의 인건비를 연구개발비에서 집행하면서, 관련 규정에 따라 퇴직금 지급에 대비하기 위한 퇴직급여충당금을 매월 적립하고 있었다.

그런데 최 연구원은 개인적인 사유로 입사 10개월 만인 2024년 12월 31일에 자진 퇴사하였다. 연구소의 인사 및 연구비 담당자는 퇴사 절차를 진행하면서, 별도의 법적 요건 검토 없이 시스템상 계산된 10개월 치의 퇴직금을 E과제의 퇴직급여충당금 계좌에 보관하였다.

[관련지침]
제48조(대학 인건비 사용기준) ① 대학의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 월 단위로 제39조제1항의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다. 다만, 제39조제1항의 계산식에서 "연 급여"는 "월 급여"로 본다.
② 대학의 장과 참여연구자ㆍ연구근접지원인력은 협의하여 제1항에 따른 인건비계상률을 월 단위로 산출하고, 이를 연구비통합관리시스템에 해당 회계연도 종료일까지 입력하여야 한다.

[진행]
참여연구원의 퇴직충당금을 집행하였으나 1년 미만 중도퇴사로 퇴직금 미지급

[정산결과]
근무기간 1년 미만의 참여연구원에게 미지급한 퇴직충당금 불인정