A대학교병원은 국가연구개발과제 수행 중, 외부 전문가가 참석하는 회의를 개최하면서 외부 참석자 식대를 회의비 항목으로 집행하였다.이 중 회의 참석자에는 B대학교 소속 OO연구원이 포함되어 있었는데, 해당 연구원은 실제로 A대학교병원 과제에서 외부 인건비를 지급받는 참여연구원으로 확인되었다.그럼에도 불구하고 회의 식대 대상자 명단에 외부인으로 포함되어 이중 집행이 이루어졌다.

[위반 내용 및 판단 근거]
회의식대(또는 회의비)는 원칙적으로 외부인 참석 시에만 식대 정액 지급이 가능하며, 과제 참여자는 내부 인력으로 간주되어 별도로 식대 등을 지급할 수 없음.B대학교 소속 OO연구원은 외형상 외부인이지만, 해당 과제의 참여연구원으로 인건비를 수령 중이므로, 과제 내에서는 내부 인력에 해당하며 회의식대 지급 대상이 아님.따라서 이는 **신분 이중 인정(참여연구원 + 외부참석자)**에 따른 예산의 이중 집행 구조로 볼 수 있으며, 해당 집행은 부당하다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제25조 제4항· 회의식대는 외부 참석자에 한하여 정액 기준에 따라 집행 가능「국가연구개발혁신법 매뉴얼」 회의비 관련 해설· 과제 참여자는 회의 참석 시 외부 참석자로 간주되지 않으며, 식대 또는 회의비 등의 별도 보상 지급은 인정되지 않음

[불인정 사유]
인건비를 지급받고 있는 참여연구원에게 외부 참석자로 간주하여 회의식대를 중복 지급한 것은 과제 예산의 사용 기준과 회계의 형평성 원칙을 위반한 것임OO연구원에게 지급된 회의식대는 전액 불인정 처리

A대학교 산학협력단 소속의 한 참여연구원은 국내 출장을 위해 KTX 승차권을 예매하였다.하지만 **개인사유(늦잠)**로 인해 기차를 제시간에 탑승하지 못했고, 이에 따라 발생한 KTX 승차권 취소 수수료를 연구비로 집행하였다.

[위반 내용 및 판단 근거]
연구개발비는 과제의 공적 목적을 달성하는 데 직접적으로 필요하고 정당한 비용에 한해 집행 가능하다.참여자의 **과실 또는 개인 귀책 사유로 인한 손실(예: 교통편 취소, 지연, 벌금 등)**은 과제 목적 달성과 직접적인 관련성이 없으며, 이는 비합리적인 예산 사용으로 간주된다.특히 출발 지연, 티켓 미사용 등은 통제 가능한 개인 책임 영역으로, 이로 인해 발생한 수수료를 연구비로 처리하는 것은 국가재정의 사적 손실 보전이라는 점에서 명확히 위반된다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제2호· 연구개발비는 과제 수행과 직접적인 관련이 없는 비용으로 집행하여서는 아니 됨「국가연구개발혁신법 매뉴얼」· 참여자의 과실이나 개인 사유로 인해 발생한 손실 또는 수수료는 연구비로 인정 불가

[불인정 사유]
참여자의 귀책사유(늦잠)로 발생한 승차권 취소 수수료는 과제 목적과 무관공적 성격의 연구개발비로 개인 과실에 대한 손실을 보전한 것으로 간주해당 비용은 연구비 집행 기준을 위반한 것으로, 전액 불인정 처리

A영리기관은 연구개발과제의 현금인건비를 집행함에 있어, **법인의 실제 급여 지급일 이전(10~20일 전)**에 연구비 계좌에서 자체 자계좌로 먼저 이체한 후, 해당 자금을 보관하고 있다가 추후 실제 급여일에 직원에게 지급하였다.예를 들어, 10월 급여의 실제 지급일은 11월 10일이었으나, 10월 31일에 이미 연구비 계좌에서 자기관련 계좌로 이체가 이루어진 것이 확인되었다.

[위반 내용 및 판단 근거]
연구개발비 중 현금인건비는 지정된 연구비 계좌에서 직접 수령자에게 지급되어야 하며, 중간 계좌를 경유하거나 기관 자체 계좌에 임의로 보관하는 행위는 금지되어 있다.특히 급여 지급일 이전에 과제 계좌에서 자금이 빠져나가고, 기관 내부 계좌에 보관된 상태는 현금 흐름의 불투명성, 타 용도 유용 가능성, 연구비 집행 시점 조작 가능성을 모두 야기할 수 있다.이는 연구개발비의 핵심 원칙인 "지정계좌 직접지급", "실사용 기준 집행", **"회계처리의 투명성"**을 동시에 훼손하는 중대한 절차 위반이다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제13조 제4항· 연구개발비는 지정계좌에서 직접 집행하여야 하며, 중간 계좌를 경유하거나 예치·보관해서는 아니 된다.「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제31조 제1항 제2호· 연구개발비 사용기준 위반은 부정행위로 간주할 수 있음「국가연구개발혁신법 매뉴얼」· 인건비는 실제 지급일 기준으로 연구비 계좌에서 수령자에게 직접 이체되어야 하며, 지급일 이전 기관계좌로의 이체 및 보유는 원칙적으로 금지됨

[불인정 사유]
급여 지급일 이전에 연구비를 기관 자계좌로 선이체하고 보유한 행위는 연구비의 직접지급 원칙 및 자금관리의 투명성 원칙 위반자계좌에 보유된 기간 동안 타 용도 사용 가능성, 이자 발생, 회계왜곡 위험 등 존재해당 인건비는 절차상 위반으로 불인정 처리되며, 필요 시 전액 환수 및 재지급 요구 가능

OO대학교 산학협력단은 국가연구개발과제 수행 중,동일 과제에 공동으로 참여하고 있는 수행기관인 oo주식회사로부터 소프트웨어를 구매하여 연구개발비로 집행하였다.이처럼 동일 과제 수행기관 간의 거래는 외형상은 거래지만 실질적으로는 내부자금 순환 구조를 가지며, 사전 승인 없이 집행할 경우 규정 위반 소지가 발생한다.

[위반 내용 및 판단 근거]
「연구개발비 사용기준」에서는 하나의 과제를 수행하는 복수의 연구개발기관 간 발생하는 거래는 전문기관의 사전 승인을 받은 경우에만 예외적으로 인정하고 있으며, 그렇지 않을 경우 내부거래로 간주되어 집행 불가하다.공동수행기관 간 물품(소프트웨어 포함) 거래는 실질적으로 한 기관이 예산을 다른 기관으로 이전하는 효과를 가지므로, 정당한 경쟁 절차 없이 비용을 분산하거나 집중하는 부적정한 구조로 해석될 수 있다.특히 소프트웨어와 같은 무형자산은 사용권한이나 유지보수 조건이 명확하지 않은 경우, 실사용 기관과 비용 발생 기관의 불일치 문제까지 발생할 수 있다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제5호· 하나의 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관 간 발생하는 거래는 전문기관의 사전 승인을 득한 경우에 한해 예외적으로 인정「국가연구개발혁신법 매뉴얼」· 공동수행기관 간 직접 거래는 원칙적으로 불인정하며, 필요 시 사전협의 및 승인을 거쳐야 함

[불인정 사유]
동일 과제 수행기관 간 거래(대학교 산단 ↔ oo주식회사)는 내부거래에 해당소프트웨어 구매 시 전문기관의 사전 승인 없이 집행된 거래는 규정 위반해당 소프트웨어 구매비용은 전액 불인정 처리

OO대학교 산학협력단은 국가연구개발과제 수행 중, 동일 과제에 참여 중인 공동기관인 oo주식회사로부터 소프트웨어를 구매하여 연구개발비로 집행하였다.그러나 이 거래는 하나의 과제를 공동 수행 중인 수행기관 간 거래로, 내부거래로 분류되며 전문기관의 사전 승인 없이 진행된 경우 예산 집행이 불인정된다.

[위반 내용 및 판단 근거]
「연구개발비 사용기준」은 수행기관 간의 직접 거래는 원칙적으로 허용하지 않으며,사전 승인 없이 이루어진 내부거래는 불인정 대상이다.동일 과제의 수행기관 간 물품 구매는실질적으로 공공 자금의 한 기관에서 다른 기관으로의 예산 이전에 해당하며, 비용 통제와 회계의 투명성 원칙을 훼손할 수 있다.특히 소프트웨어의 경우 사용권한, 유지보수 책임, 과제 내 사용 범위가 모호할 수 있으므로, 사전 심사 및 승인이 필수적이다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제5호· 하나의 연구개발과제를 수행하는 연구개발기관 간 발생하는 거래는 전문기관의 사전 승인을 받은 경우에만 예외적으로 집행 가능「국가연구개발혁신법 매뉴얼」· 수행기관 간 내부거래는 연구비 목적 외 사용 및 자금 흐름 불명확성 초래 위험으로, 사전 승인 없는 거래는 원칙적으로 전액 불인정

[불인정 사유]
공동기관인 oo주식회사로부터의 소프트웨어 구매는내부거래로 간주되는 수행기관 간 직접 거래에 해당사전 승인 없이 진행된 거래는 연구개발비 사용기준 위반해당 소프트웨어 구매비는 전액 불인정 처리

A 영리기관은 수행 중인 국가연구개발과제의 간접비로 특허 출원비를 집행하였다. 그러나 특허 출원서 상 사사 표기(acknowledgement)에 명시된 과제명은 해당 연구개발과제가 아닌, 기관이 별도로 수행하고 있는 타 과제로 확인되었다. 또한, 특허의 주요 기술 내용 역시 현재 과제의 연구개발 목표와 직접적 연관성이 없었다.

[위반 내용 및 판단 근거]
지식재산권 출원비는 해당 과제의 수행 결과로 창출된 성과에 한해 연구개발비로 집행할 수 있다. 출원된 특허의 사사 표기에 수행 과제가 아닌 다른 과제가 명시되었고, 실제 기술 연계성도 불분명한 경우, 해당 특허는 현재 과제의 성과로 인정할 수 없다. 따라서 본 과제의 간접비로 출원비를 집행하는 것은 성과 귀속 기준 위반 및 예산 목적 외 사용으로 간주되며, 회계 투명성과 과제성과 연계성 원칙을 모두 훼손하는 행위다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제2호“연구개발과제와 직접적인 관련이 없는 비용”은 연구개발비로 계상할 수 없음「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.186“지식재산권 관련 비용은 해당 과제의 연구개발성과를 보호하기 위한 목적에 한하여 인정되며, 타 과제 성과에 대한 출원은 연구개발비 집행 불가”“출원서 내 사사 표기 또는 성과 귀속 명시가 없는 경우에도 과제 성과로 인정되지 않음”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 해당 연구개발과제 수행에 필요한 직접비 및 간접비로 구분하여 사용하여야 하며, 그 사용은 목적 외로 하여서는 아니 된다”

[불인정 사유]
간접비로 집행된 특허 출원비의 대상 특허가 수행 과제와 무관한 타 과제 성과로 확인되었으며, 사사 표기에도 해당 과제가 명시되지 않아 성과 귀속의 불일치가 발생하였다. 이는 연구개발비의 목적 외 사용으로 간주되어, 해당 출원비는 전액 불인정 처리된다.

A 비영리기관은 국가연구개발과제 수행 중, 인건비 또는 외주 용역비 등을 지급하면서 「통합이지바로」 시스템의 지급방식을 ‘일괄’로 선택하였다. 그러나 내부 프로세스 상 이체 증빙을 생략한 채 지출을 진행하였고, 결과적으로 계좌이체확인서 또는 이체내역서 등 필수 증빙자료가 누락된 상태로 회계처리가 이루어졌다.

[지적 내용 및 판단 근거]통합이지바로 시스템에서 지급방식을 ‘일괄’로 설정한 경우, **지급 집행의 적정성과 실제 이체 여부를 검증할 수 있는 계좌이체 증빙자료(통장사본, 이체내역서 등)**를 별도로 구비해야 한다. 이는 자동이체 방식(개별 이체)과 달리 시스템상 수취인별 내역이 나타나지 않기 때문에, 회계상 실 지급 증빙 확보가 필수적이다.본 사례는 내부 회계관리 기준에 따라 이체 자료가 생략된 것으로 보이나, 기술적 또는 절차적 생략 사유가 연구개발비 집행 기준의 증빙 요구 조건을 대체할 수는 없다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제4조 제2항“연구개발비의 집행은 적정한 증빙자료에 근거하여야 하며, 거래의 실체를 입증할 수 없는 경우 인정하지 아니할 수 있다.”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.172“이지바로 시스템에서 일괄지급 방식 선택 시 수령인별 이체 증빙을 별도로 첨부해야 하며, 누락된 경우 증빙불비로 불인정될 수 있음”단, 사전 고의성 없이 내부 시스템에 의한 증빙 생략인 경우, 보완이 가능하다면 계도 후 조치할 수 있음[계도 사유 및 조치 사항]해당 건은 ‘일괄’ 지급 방식의 특성상 필수로 요구되는 계좌이체 증빙자료가 누락된 상태로 회계처리되었으나, 내부 프로세스 또는 시스템 미비에 기인한 절차적 누락으로 판단된다.따라서 본 건은 불인정 처리보다는 계도 조치 대상으로 판단되며,지속적 재발 방지를 위한 지급방식별 증빙관리 매뉴얼 개선, 증빙 재첨부 등 보완 제출이 요구된다.

A 영리기관의 참여연구자는 해외 학회 참석 목적으로 출장 여비를 청구하였다. 실제로는 학회 일정 종료 이후 해외 체류를 연장하며 개인 연차 4일을 사용한 뒤 귀국하였고, 전체 체류 기간에 대한 여비(항공료, 체재비 등)를 연구개발비로 집행하였다.

[위반 내용 및 판단 근거]
연구개발비로 집행되는 여비는 수행 과제와 직접적으로 연관된 출장 기간에 한해 인정된다. 출장 중 개인 연차, 관광 등 사적 일정은 과제 목적과 무관하므로, 해당 기간의 체재비, 숙박비, 일비 등은 연구개발비로 계상할 수 없다. 본 사례는 공식 출장 일정 외 일정(연차 4일)을 포함하여 전체 여비를 집행한 것으로, 사적 일정과 공적 경비의 분리 회계 기준을 위반하였다.또한 연구개발성과와 무관한 체류 비용이 포함되면 공공 예산의 사적 사용으로 간주될 수 있으며, 이는 전액 또는 부분 환수 대상이 된다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제2호“연구개발과제와 직접적인 관련이 없는 비용은 연구개발비로 계상할 수 없음”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.176, p.182“출장 여비는 과제 수행과 직접적으로 관련된 공식 출장일정에 한해 계상 가능하며, 연차 또는 사적 체류기간은 사업비 인정 대상이 아님”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 해당 연구개발과제 수행에 필요한 직접비 및 간접비로 구분하여 사용되어야 하며, 목적 외 사용은 불인정된다”

[불인정 사유]
공식 출장 일정 종료 후 개인 연차 일정 동안 발생한 체류 비용은 과제 수행과 무관한 사적 지출로, 연구개발비 집행 요건에 부합하지 않는다. 출국일부터 출장 종료일까지는 여비 인정 대상이나, 연차 사용 기간부터 귀국일까지의 비용은 전액 불인정 처리된다.

A 비영리기관은 연구개발과제 수행 중 참여연구자의 야근에 따른 식사 제공 목적으로 식대를 사업비에서 집행하였다. 그러나 해당 식사 내역 영수증에 맥주 등 주류 품목이 포함된 사실이 확인되었다.

[위반 내용 및 판단 근거]
연구개발비로 집행되는 식대는 과제 수행 목적의 업무상 필요에 의한 식사 제공에 한해 인정되며,주류 등 유흥성 품목이 포함된 식사는 연구목적과의 직접적 관련성이 인정되지 않는다.또한 영수증 상 품목 구분이 명확히 가능함에도 식대 항목에 주류가 포함된 상태로 전체를 비용 처리한 경우,통상 전체 또는 주류 비율 상당 부분이 불인정 대상이 된다.이는 사적 사용과 공적 예산의 혼용을 방지하기 위한 필수 회계 원칙이다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제2호“연구개발과제와 직접적인 관련이 없는 비용은 계상할 수 없음”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.176, p.185“식대 집행 시 주류, 유흥성 품목, 고가 품목이 포함될 경우 집행 불가”“야근, 회의 등으로 인정되는 식사라도 사적 지출이 혼재된 경우 일부 또는 전액 불인정 가능”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 해당 연구개발과제 수행에 필요한 직접비 및 간접비로 사용되어야 하며, 목적 외 사용은 불인정됨”

[불인정 사유]
연구개발비로 집행한 야근 식대 내역 중 주류가 포함된 사실은 식사 목적 외 지출이 포함된 것으로, 연구개발비 목적 외 사용에 해당한다.주류 포함 비용은 전액 또는 주류 비중 상당액이 불인정 처리되며, 사전 예방을 위한 식대 품목 기준 사전 관리가 필요하다.

A 영리기관은 수행 중인 국가연구개발과제의 출장 중 식비를 여비규정에 따라 실비로 처리하였다. 이 중 일부는 법인카드로, 일부는 개인카드로 결제되었고, 법인카드 매입세액은 환급 처리 후 사업비 환원하였으나, 개인카드 결제분의 매입부가가치세는 환원 없이 그대로 사업비로 계상하였다.

[위반 내용 및 판단 근거]
「부가가치세법」상 매입세액은 일정 요건을 충족하면 환급이 가능하며, 환급 가능한 세액을 사업비로 계상할 경우 이중 지원에 해당한다.연구개발비 사용기준에서도 “환급 가능한 부가가치세는 연구개발비로 계상할 수 없다”고 명시되어 있으며, 이는 결제 수단(법인/개인)에 관계없이 적용되는 원칙이다.기관이 매입세액을 환급받을 수 있는 구조라면, 개인카드 집행이라 하더라도 이를 회계상 구분하여 환원 처리해야 하며, 이를 이행하지 않은 경우는 명백한 사용기준 위반이다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제11호“영리기관이 부담하여야 할 부가가치세 등 환급 가능한 세금”은 연구개발비로 계상할 수 없음「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.176“환급 가능한 매입세액은 과제비로 계상할 수 없으며, 결제 수단과 관계없이 회계상 구분하여 환원해야 함”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 해당 과제 수행에 필요한 비용으로, 목적 외 사용은 불인정됨”

[불인정 사유]
영리기관의 과제 수행 중 발생한 식비 집행 내역 중, 개인카드 사용분에 포함된 매입부가세는 환급 가능한 세액임에도 불구하고 연구개발비로 계상되어 이중지원 문제가 발생하였다.법인카드와 달리 개인카드라는 이유로 환원 조치를 누락한 것은 회계기준의 일관성을 훼손한 것으로, 해당 매입세액은 전액 불인정 처리된다.

A 영리기관은 국가연구개발과제 수행 중, 신규 채용 인력에 대한 인건비를 현금으로 집행하였다. 이 과정에서 해당 인력의 계상률이 100%임에도 불구하고, 연구개발비로 4대보험 사용자부담분 및 퇴직급여충당금까지 모두 포함하여 계상률 100%를 초과하는 현금 인건비를 지급하였다.

[위반 내용 및 판단 근거]
국가연구개발사업에서는 신규인력의 인건비를 현금으로 계상할 경우, 해당 인력의 총 계상률 100% 범위 내에서만 현금 집행이 가능하며,이를 초과하여 사용자부담 4대보험, 퇴직급여충당금 등을 포함하여 지급할 경우,이는 실지급액 기준을 초과한 부당 계상 및 현금 집행으로 간주된다.이는 인건비 집행 통제의 핵심인 “계상률 한도 준수” 원칙을 위반한 것이며,정산 시 초과된 금액은 전액 불인정 처리된다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제65조(영리기관 인건비 사용기준) 제1항“현금으로 계상되는 인건비는 참여연구자의 총 계상률(%) 범위 내에서 계상하여야 하며, 이를 초과하여 집행할 수 없다”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.221“신규인력의 경우 현금 계상 가능하나, 퇴직급여충당금 및 사용자부담 4대보험 등을 포함하더라도 계상률 100%를 초과하여 지급할 수 없음”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 목적에 맞게 계상되어야 하며, 실지급 한도를 초과하는 사용은 목적 외 사용으로 불인정됨”

[불인정 사유]
A기관은 신규인력의 인건비를 집행하면서 계상률 100% 한도를 초과하여 4대보험 사업자 부담금 및 퇴직충당금까지 포함하여 현금으로 지급하였으며, 이는 인건비 계상률 통제기준을 위반한 것으로, 100%를 초과한 금액은 전액 불인정 처리된다.

A 영리기관은 수행 중인 연구개발과제의 일환으로 사업 관련 세미나를 개최한 뒤, 과제 목적과 관련된 기초자료 확보를 위해 불특정 다수를 대상으로 설문조사를 진행하였다.이를 위해 설문 응답자 대상 기념품 100개를 연구개발비로 구입하여 지급할 계획이었으나, 실제 배포내역상 96개만 배포되었으며, 잔여 4개의 행방은 명확히 확인되지 않았다.

위반 내용 및 판단 근거]연구개발비는 과제 수행에 직접 필요하고, 실제 집행된 금액만을 기준으로 정산해야 하며,계획 대비 잔여물품이 존재하는 경우에는 미사용분 또는 사용처 미확인분은 집행으로 인정되지 않는다.특히 불특정 다수 대상 설문조사 등에서 제공하는 기념품은 수령자 명부 또는 배포증빙 확보가 요구되며, 일부만 실제 사용되고 나머지 수량의 용도나 배포 내역이 불분명할 경우, 미사용분은 사업비로 인정할 수 없는 목적 외 지출 또는 허위 계상 가능성이 존재한다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제4조 제2항“연구개발비는 적정한 증빙자료에 근거하여야 하며, 거래의 실체를 입증할 수 없는 경우 인정하지 아니할 수 있다”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.176“사은품·기념품·설문 제공 물품 등은 실 배포 내역 및 수령자 확인이 가능한 경우에 한해 인정”“실지급되지 않은 물품, 사용처 확인 불가한 항목은 전액 불인정 처리 가능”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 해당 연구개발과제 수행에 필요한 직접비 및 간접비로 사용되어야 하며, 그 사용은 목적 외로 하여서는 아니 된다”

[불인정 사유]
기념품 100개 중 96개만 실 배포되었고, 나머지 4개에 대한 사용처 및 수령자가 명확히 확인되지 않은 상태에서 전량을 연구개발비로 처리한 것은, 실제 집행되지 않은 물품에 대한 허위 또는 과다 계상으로 간주되며, 미배포분은 전액 불인정 처리된다.

A 영리기관은 수행 중인 국가연구개발과제의 연구실 운영비로 사무용 책상 및 의자를 구입하였다. 그러나 협약 체결 시 제출한 ‘연구실 운영비 활용·관리계획’에 해당 품목이 기재되지 않았고, 해당 자산 구매에 대하여도 별도의 전문기관 승인 절차를 이행하지 않은 상태에서 연구개발비로 집행하였다.

[위반 내용 및 판단 근거]
영리기관이 연구실 운영비를 사용하려면, 협약 체결 시 제출된 활용계획서에 해당 항목이 명기되어 있어야 하며, 계획 외 자산 또는 고정성 물품을 구매할 경우에는 소관 전문기관의 사전 승인을 받아야 한다.이러한 절차는 영리기관의 비용통제 및 연구비 투명성 확보를 위한 필수 요건이다.사전 명기 없이 사용하거나, 사전승인 없이 연구개발비를 집행한 경우는 연구실 운영비의 통제체계(협약 기반 집행요건)를 위반한 것으로 간주되어 불인정된다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제10조 제6호“영리기관이 연구실 운영비를 사용하는 경우, 협약 체결 시 활용계획을 제출하고, 활용계획 외 품목 사용 시 소관 전문기관의 사전 승인을 받아야 한다”「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.177“연구실 운영비는 영리기관의 자율사용 항목이 아니며, 협약 시 명기 및 승인 절차를 반드시 거쳐야 하며, 해당 절차 없이 사용한 경우 전액 불인정됨”「국가연구개발혁신법」 제13조 제3항“연구개발비는 목적에 맞게 사용되어야 하며, 절차적 요건을 위반한 경우 목적 외 사용으로 간주됨”

[불인정 사유]
A기관은 연구실 운영비 활용계획에 명시되지 않은 자산(책상, 의자)을 계획 외로 구매하였고, 해당 사용에 대한 전문기관의 사전 승인도 받지 않았다. 이는 연구실 운영비의 협약 기반 통제체계를 위반한 것으로, 해당 집행액 전액은 불인정 처리된다.

B 비영리 산학협력단은 A 비영리 출연연의 위탁을 받아 국가연구개발과제를 수행하였다. 해당 위탁과제는 중간에 총 사업비가 조정되었으나, B기관은 매출부가가치세를 변경된 사업비가 아닌 기존 사업비 기준으로 계속 계상하였고, 이로 인해 연구활동비에서 사업비 집행 가능 한도액을 초과한 매출부가세가 지출되었다.

[위반 내용 및 판단 근거]
연구개발비에 포함되는 매출부가가치세는 위탁 수행기관이 납부의무를 지는 경우 해당 용역의 공급가액을 기준으로 산정되며, 사업비가 변경되면 공급가액 역시 이에 맞춰 재산정되어야 한다. 변경된 사업비에 따라 매출부가세 산정 기준도 달라져야 함에도, 이를 반영하지 않고 기존 기준으로 계속 집행하는 것은 과다 계상 및 집행으로 간주된다. 특히 위탁과제의 경우 공급가액 대비 부가세 비율이 명확하므로, 이를 무시한 채 초과 집행한 세액은 목적 외 집행으로 판단된다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제21조 제4항 제11호는 환급 가능한 세금 또는 정당한 공급가액에 기반하지 않은 부가세는 인정하지 않으며, 제25조 제8항에서는 부가세는 해당 사업비 기준에 따라 산정되어야 함을 전제로 하고 있다. 또한 「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.176에서는 과제 변경 시 부가세 등 연동 항목도 함께 정산 재조정이 필요하다고 명시되어 있다.

[불인정 사유]
B 산학협력단은 위탁과제 사업비가 변경되었음에도 불구하고, 변경 전 공급가액 기준으로 매출부가세를 연구활동비에서 집행하였다. 이는 실제 공급가액보다 과도한 세액을 계상한 것으로, 정산 기준 및 사용기준을 위반하여 변경된 사업비 기준에서 초과된 매출부가세 금액은 전액 불인정 처리된다.

A 영리기관은 국가연구개발과제 수행 중 국내 출장을 진행하면서 사업용 차량에 대한 주유비를 연구개발비로 집행하였다. 그러나 기관의 여비규정에 따라 정해진 연비, 유종, 차종, 이동거리 기준에 따른 산정 방식은 반영하지 않고, 실제 주유금액 전체를 사업비로 처리하였다.

[지적 내용 및 판단 근거]여비는 연구개발비 집행의 대표적인 실비 정산 항목으로, 사전에 규정된 산정 기준에 따라 금액이 산출되어야 한다. 특히 주유비의 경우 연비 기준(㎞/L), 통행거리(km), 유류단가(원/L), 차량 종류에 따라 계산식에 의해 계상되어야 하며, 이를 무시한 채 전액을 실주유 영수증 기준으로 처리한 경우는 과다 계상 또는 부정확한 집행으로 간주될 수 있다. 다만, 해당 건은 기관 내부 여비규정에는 명확한 산정기준이 있음에도 불구하고, 연구책임자의 단순 실무 착오로 인하여 발생한 사안으로, 상시점검을 통해 사후 적발되었고, 기관은 이후 동일 오류 재발방지를 위해 관련 산정 기준을 반영하여 내부 절차를 개선하였다.[적용 규정]
「국가연구개발사업 연구개발비 사용기준」 제25조 제4항에 따르면, 여비는 기관 여비규정 또는 표준여비규정을 근거로 산정하며, 사전 결재와 증빙자료에 따라 실비 집행이 이루어져야 한다. 또한 「국가연구개발혁신법 매뉴얼」(2024.4) p.182에서는 차량 이용 시 이동거리 및 차량 연비 등을 고려하여 주유비를 산출할 것을 권장하고 있으며, 명확한 기준 없이 실제 주유금액을 그대로 적용하는 것은 회계상 적정성이 결여된 것으로 판단될 수 있다고 명시하고 있다.[계도 사유 및 조치 사항]본 사례는 여비 집행의 산정기준을 간과하고 실제 영수증 금액 기준으로 집행한 것이며, 사전의도 없이 규정 미이행으로 발생한 오류로 판단된다. 상시점검을 통해 확인된 이후 기관이 즉시 자발적으로 시정한 점을 고려하여, 본 건은 불인정 처리보다는 계도 조치 대상이며, 향후 유사 사례 발생 방지를 위한 내부 여비 집행 절차 보완이 요구된다.