A 대학 소속 B 연구원은 과제 수행을 위해 예약했던 KTX 승차권을 개인적인 사유로 취소하면서 발생한 수수료를 연구비로 청구하였다.

B 연구원은 ‘차세대 유전자 가위 기술 동향 분석’을 위한 전문가 자문회의 참석 목적으로 서울-대전 간 KTX 승차권을 사전에 예매했다. 그러나 출장 전날, 가족의 긴급한 병간호가 필요하게 되어 출장 계획을 취소했다. 이 과정에서 승차권 취소 수수료 5,000원이 발생하자, B 연구원은 원래의 출장이 과제 수행의 일환이었음을 근거로 해당 수수료를 연구활동비(여비)로 집행해달라고 정산 시스템에 등록하였다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제22조(연구개발비 공통 인정기준)
① 연구개발기관의 장은 연구개발비를 계상한 바에 따라 사용하여야 한다.
② 연구개발기관의 장은 연구개발비 사용(재난, 재해, 그 밖에 경제적ㆍ사회적으로 중대한 사유 발생에 따라 물품 및 서비스를 위한 계약이 취소ㆍ변경되어 수수료 등 부대비용이 발생하여 사용한 것을 포함한다)을 입증할 증명자료를 갖추어야 한다.
[정산결과]
연구과제와 관련없이 개인의 과실로 인해 발생한 취소수수료 집행 불인정

A대학교의 박 모 교수는 ‘인공지능 기반 신약 후보물질 발굴’ 과제의 연구책임자로서, 2차 연도 과제 수행 결과에 따라 책정된 연구수당 총액 2,000만 원에 대한 배분을 진행하였다.

박 교수는 참여연구원들의 기여도에 대한 객관적인 평가 절차를 생략한 채, 본인의 기여도를 가장 높게 판단하여 총액의 75%에 해당하는 1,500만 원을 자신에게 배정하였다. 이후 나머지 500만 원을 타 참여연구원들에게 배분하는 내용의 지급 신청서를 대학 연구비 중앙 관리 부서에 제출하였다.

대학의 연구비 관리 시스템은 해당 지급 요청을 처리하는 과정에서, 박 교수의 개인별 지급 신청액(1,500만 원)이 연구수당 총액(2,000만 원)의 70% 한도(1,400만 원)를 초과함을 자동 식별하였다. 이에 시스템은 지급 절차를 즉시 보류하고, 관리자에게 해당 규정 위반 의심 건에 대한 검토 알림을 통보하였다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준(제 2025-9호)
제26조(연구수당 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 참여연구자가 2명 이상인 경우에 한 명의 참여연구자에게 해당 연구개발과제의 연구수당 계상액의 70퍼센트를 초과하여 연구수당을 지급하여서는 아니 된다.
[정산결과]
연구개발과제의 연구수당 총 지급액의 70퍼센트를 초과하여 개인에게 지급한 금액 불인정

주관연구기관인 A대학교는 연구과제의 일부인 ‘특정 단백질의 효능 검증’ 부분을 B바이오(영리기업)에 위탁하여 수행하기로 계약하였다. 계약된 위탁연구개발비 총액은 1억 1천만 원이었다.

과업이 종료된 후, 위탁연구기관인 B바이오는 A대학교 측에 아래와 같이 세금계산서를 발행하여 청구하였다.

공급가액: 100,000,000원
부가가치세: 10,000,000원
실사용공급가액 : 99,857,995원

A대학교의 연구비 정산 담당자는 세금계산서 상의 합계 금액 1억 1천만 원 전액을 연구개발비 계좌에서 B바이오 측으로 이체하여 지급을 완료하였다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법 제16조제3항 연구개발성과를 국가 소유로 하는 연구개발과제의 경우 부가가치세 부과 대상

[진행]
영리기관에서 연구비 잔액에 대한 매출 부가가치세를 모두 집행

[정산결과]
연구비 잔액에 대해 집행한 매출 부가가치세 불인정

G 대학 의생명연구센터의 김 교수는 연구과제 수행에 필수적인 ‘실시간 세포 영상 현미경 시스템’을 구매하고자 했다. 공급업체로부터 받은 견적서 상 총 금액은 부대비용을 포함하여 3,850만 원이었다. 이 시스템은 현미경 본체(2,950만 원)와 시스템 구동 및 데이터 분석에 필수적인 전용 소프트웨어 및 특수 렌즈 세트(900만 원)로 구성되어 있었다.

현행 규정상 3천만 원 이상의 연구장비는 연구기관 내 심의위원회의 사전 심의를 받아야 하지만, 그 절차가 복잡하고 시간이 오래 걸릴 것을 우려한 김 교수는 이를 회피하기로 마음먹었다.

김 교수는 행정 담당자에게 지시하여, 동일한 공급업체에 두 건으로 나누어 발주하도록 하였다.

거래 1: 현미경 본체 (2,950만 원) → ‘연구시설·장비비’로 집행

거래 2: 전용 소프트웨어 및 렌즈 세트 (900만 원) → ‘연구재료비’로 품목을 허위 기재하여 집행

결과적으로 두 거래 모두 3천만 원 미만으로 처리되어, 심의위원회 심의를 거치지 않고 장비 구매가 완료되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제73조(사전 승인 대상)
① 법 제13조제4항제3호에 따라 연구개발비 사용계획의 변경을 위하여 중앙행정기관의 장의 사전 승인이 필요한 경우는 다음 각 호와 같다.
5. 연구시설ㆍ장비비와 관련된 변경 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
가. 원래계획에 반영되지 아니한 3천만 원(부가가치세 및 구입ㆍ설치 등에 필요한 부대비용을 포함한다) 이상이 소요되는 연구시설ㆍ장비를 새로 구입하거나 임차하려는 경우
[정산결과]
미승인된 부대비용을 포함 3천만원 이상 장비 불인정

주관연구기관인 ‘(주)가나다파마’는 혁신 신약 개발 과제를 수행하는 영리기업(과세사업자)이다. 이 회사는 과제 수행 중 아래와 같이 연구 장비와 재료를 구매하였다.

구매 1. 분석 장비: 2,200만 원 (공급가액 2,000만 원 + 부가가치세 200만 원)

구매 2. 실험 시약: 550만 원 (공급가액 500만 원 + 부가가치세 50만 원)

회사의 연구비 관리 담당자는 구매에 소요된 총액 2,750만 원 전체를 연구개발비(연구시설장비비, 연구재료비)로 회계 처리하였다.

한편, 회사의 재무팀은 분기별 법인세 및 부가가치세 신고 시, 회사가 사업을 위해 지출한 모든 매입세액을 집계하여 국세청에 신고하고 환급 절차를 진행했다. 여기에는 당연히 상기 연구과제를 위해 구매하며 지불했던 매입세액 250만 원도 포함되어 있었다.

결과적으로 (주)가나다파마는 동일한 부가가치세 250만 원에 대해 ①연구개발비 재원으로 한 번, ②국세청 환급으로 또 한 번, 총 두 번을 보전받게 되는 이중 수혜를 취한 셈이 되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
1. 환급받을 수 있는 관세, 부가가치세 등에 해당하는 금액(실제 환급받지 아니한 경우에도 해당한다)
[정산결과]
환급가능한 부가가치세 불인정

A대학에서 수행하는 B연구과제(연구 기간: 2024.07.01. ~ 2025.06.30.)의 연구팀은 과제 막바지 데이터 분석을 위해 전문 통계 소프트웨어가 필요했다.

2025년 1월 10일, 연구팀은 해당 소프트웨어의 1년 사용 라이선스를 120만 원에 구매하였다. 이 소프트웨어의 사용 계약 기간은 구매일로부터 1년 뒤인 2026년 1월 9일까지였다.

그러나 해당 연구과제는 약 6개월 뒤인 2025년 6월 30일에 종료될 예정이었다. 연구비 담당자는 구매 시점의 필요성만 고려하여, 라이선스 사용 기간과 과제 잔여 기간의 불일치를 확인하지 않고 1년 치 사용료 120만 원 전액을 연구활동비로 집행 처리하였다.

[관련지침]
1) 국가연구개사업 연구개발비 사용 기준
제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑩ 연구개발기관의 장은 소프트웨어(데이터베이스와 네트워크를 포함한다) 사용계약기간이 연구개발과제의 연구개발기간을 초과하더라도 소프트웨어 사용계약기간이 최소 단위임을 소명하는 경우에는 소프트웨어 활용비를 해당 사용계약기간에 대한 계약금액 전부로 계상할 수 있다.

[정산결과]
사용계약기간 최소단위가 월단위임을 확인하여 연구개발기간을 초과한 기간분 불인정

H대학 의과대학 연구팀은 감염성 세포주를 이용하는 연구를 수행하고 있었다. 연구 과정에서 필연적으로 발생하는 오염된 페트리디쉬, 팁, 글러브 등 의료 폐기물을 안전하게 처리하기 위해 ‘생물학적 위험 폐기물 전용 처리 봉투(Biohazard Disposable Bags)’를 30만 원어치 구매하였다.

해당 물품을 구매한 연구원은, 이 폐기물들이 모두 연구 ‘재료’를 사용하여 발생한 것이므로 처리 용품 역시 재료비의 일부라는 자체적인 판단하에 비용 항목을 ‘연구재료비’로 선택하여 지출을 결의했다. 연구비 관리 부서 담당자는 별다른 검토 없이 해당 청구를 승인하여 집행이 완료되었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용
[정산결과]
의료폐기물 봉투만 부분 불인정

K대학 화학공학과 이 교수 연구실에서는 3개의 서로 다른 국가연구개발과제가 동시에 수행되고 있었다. 해당 연구실 전체에 대한 전기요금은 별도의 계량기 없이 통합되어 고지되고 있었으며, 이 공간에는 여러 과제에서 공용으로 사용하는 장비, 기본 조명, 냉난방 기기 등이 혼재되어 있었다.

연말이 되자, 이 교수는 자신의 과제 중 가장 규모가 큰 ‘A과제’의 연구활동비 예산이 일부 남은 것을 확인했다. 그는 예산 소진 목적으로 최근 부과된 연구실 전체 전기요금 150만 원 중 50만 원을 A과제의 연구실 운영비 명목으로 집행하도록 지시했다. 이 금액(50만 원)은 A과제의 전기 사용량을 측정한 객관적인 데이터가 아닌, 이 교수의 임의적인 판단에 따라 책정된 것이었다.

[관련지침]
국가연구개발혁신법
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
③ 연구개발비는 다음 각 호의 비용으로 구성하며, 그 사용용도는 대통령령으로 정한다.
1. 직접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 있는 비용
2. 간접비: 연구개발기관이 연구개발과제를 수행하는 데 공통적으로 소요되는 비용으로서 개별 연구개발과제로부터 직접 산출할 수 없는 비용
[정산결과]
과제에 투입됨을 소명할 수 없는 영리기관의 연구실 운영비 불인정

M연구소는 ‘E과제’ 수행을 위해 2024년 3월 1일부로 연구원 최 씨를 1년 계약직으로 채용하였다. 연구소는 최 연구원의 인건비를 연구개발비에서 집행하면서, 관련 규정에 따라 퇴직금 지급에 대비하기 위한 퇴직급여충당금을 매월 적립하고 있었다.

그런데 최 연구원은 개인적인 사유로 입사 10개월 만인 2024년 12월 31일에 자진 퇴사하였다. 연구소의 인사 및 연구비 담당자는 퇴사 절차를 진행하면서, 별도의 법적 요건 검토 없이 시스템상 계산된 10개월 치의 퇴직금을 E과제의 퇴직급여충당금 계좌에 보관하였다.

[관련지침]
제48조(대학 인건비 사용기준) ① 대학의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 월 단위로 제39조제1항의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다. 다만, 제39조제1항의 계산식에서 "연 급여"는 "월 급여"로 본다.
② 대학의 장과 참여연구자ㆍ연구근접지원인력은 협의하여 제1항에 따른 인건비계상률을 월 단위로 산출하고, 이를 연구비통합관리시스템에 해당 회계연도 종료일까지 입력하여야 한다.

[진행]
참여연구원의 퇴직충당금을 집행하였으나 1년 미만 중도퇴사로 퇴직금 미지급

[정산결과]
근무기간 1년 미만의 참여연구원에게 미지급한 퇴직충당금 불인정

O대학의 서 교수는 ‘G연구과제’의 성과 발표를 위해 부산에서 열리는 국내 학회에 참석할 예정이었다. 그는 비용 절감을 위해 행사일로부터 수 주 전, 오전 9시에 출발하는 저가 항공편을 예매해 두었다.

그러나 출장 전날, 서 교수는 학회에 같이 참석하는 다른 대학 소속 동료와 연락하던 중, 그 동료가 오후 1시 비행기를 탄다는 사실을 알게 되었다. 서 교수는 동료와 함께 이동하는 것이 더 편리하겠다는 생각에, 이미 예약했던 오전 9시 항공권을 즉흥적으로 오후 1시 항공권으로 변경하였다.

이 과정에서 항공권 변경에 따른 수수료 XXX 원이 발생하였고, 서 교수는 출장 복귀 후 여비 정산을 신청하면서 이 변경 수수료까지 포함하여 교통비를 청구하였다.

[관련지침]
24년도 국가연구개발혁신법 매뉴얼
연구활동비-사용기준-공통사용기준
- 연구실 운영에 필요한 소모성 비용은 연구개발비 중 다른 사용용도에 계상할 수 없는 비용으로 연구개발과제 수행 시 연구실 운영에 필요한 경비를 말함. 다만, 다음 중 어느 하나에 해당하는 금액에 대하여는 연구실 운영에 필요한 소모성 비용을 계상 및 사용할 수 없음
➍ 과태료, 벌금, 단순실수나 부주의로 인한 취소수수료

[정산결과]
변심에 의한 변경 또는 취소수수료 불인정

U대학교 소속 김 박사(박사후연구원)는 월 급여 500만 원(100% 참여 기준)을 받는 조건으로, 아래와 같이 두 개의 과제에 참여하고 있었다.

A 과제: 참여율 50% (월 인건비 250만 원 부담)

B 과제: 참여율 50% (월 인건비 250만 원 부담)

그런데 6월 말을 끝으로 B 과제가 성공적으로 종료되었다. 이에 따라 7월부터 김 박사는 A 과제에만 참여하게 되었고, 그의 7월 실제 총 지급 급여는 A과제에서 전액 부담하는 250만 원이 되었다.

그러나 해당 연구기관은 참여율 변경 신청을 깜빡했다. 그 결과, 연구비 관리 시스템상 김 박사의 A과제 참여율은 여전히 50%로 남아 있었다.

대학 행정팀은 7월에 김 박사에게 실제 지급된 250만 원 전액을 A과제 인건비로 집행 처리했다.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제39조(정부출연기관 인건비 사용기준)
① 정부출연기관의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 연 단위로 다음의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다.




제48조(대학 인건비 사용기준)
① 대학의 장은 참여연구자ㆍ연구근접지원인력의 인건비를 월 단위로 제39조제1항의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다. 다만, 제39조제1항의 계산식에서 "연 급여"는 "월 급여"로 본다.
제65조(영리기관 인건비 사용기준)
① 영리기관의 장은 참여연구자의 인건비를 월 단위로 다음의 계산식에 따른 인건비계상률에 따라 계상하여야 한다.





[정산결과]
인건비 한도 초과집행액 불인정

A대학의 B교수는 ‘OOO 기술 개발’ 과제를 수행하고 있었다. 마침 이 과제에 적합한 C연구원을 채용하여, 특정 월 1일부터 과제의 공식 참여연구원으로 등록하기로 확정했다.

그런데 과제와 아주 밀접한 주제의 국내 학회가 공교롭게도 C연구원의 공식 합류 직전인 이전 달 28일부터 30일까지 개최되었다. B교수는 새로 올 C연구원이 학회에 미리 참석해서 최신 동향을 파악하면 과제 수행에 큰 도움이 될 것이라고 판단했다.

B교수는 C연구원에게 “과제에 필요한 출장이니 걱정 말고 다녀와라”라고 말하며 출장을 지시했다. C연구원은 학회에 다녀왔고, 해당 월 1일부로 과제에 정식으로 합류했다. 그 후, 연구실 행정 담당자는 이전 달에 발생한 C연구원의 출장비(항공권, 숙박비 등) 영수증을 모아 ‘OOO 기술 개발’ 과제 연구비로 상신하였다.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑭ 연구개발기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액에 대하여는 연구인력 지원비를 계상하여서는 아니 된다.
아니 된다.
1. 참여연구자 및 연구근접지원인력이 아닌 자의 연구인력 지원비(단, 연구개발인력 양성을 목적으로 하는 연구개발과제의 경우 지원대상 인력에 대한 비용은 제외한다)

[정산결과]
미참여 연구원에게 지급된 출장비 불인정

IT 기업인 A기업의 내부 여비규정에는, 모든 임직원의 출장 시 아래와 같은 비용 상한액이 명시되어 있었다.

철도 운임: KTX 일반실 요금 기준

숙박비: 법인 계약 호텔 또는 1박 당 10만 원 이내

이 회사 부설연구소의 B팀장은 국가 R&D 과제인 **‘OOO 플랫폼 개발’**의 총괄 책임자로서, 기술 교류를 위해 지방으로 출장을 갔다. B팀장은 ‘회사를 대표하는 팀장인데 이 정도는 괜찮겠지’라는 생각에, 좀 더 편안한 KTX 특실(11만 원)을 이용하였고, 새로 생긴 시내 중심가의 호텔(1박 15만 원)에 숙박하였다. (해당 구간 KTX 일반실은 7.5만 원이었다.)

출장 복귀 후, B팀장은 실제 사용한 영수증(KTX 11만 원, 숙박비 15만 원)을 첨부하여 과제 연구비로 경비 처리를 요청했다.IT 기업인 A기업의 내부 여비규정에는, 모든 임직원의 출장 시 아래와 같은 비용 상한액이 명시되어 있었다.

철도 운임: KTX 일반실 요금 기준

숙박비: 법인 계약 호텔 또는 1박 당 10만 원 이내

이 회사 부설연구소의 B팀장은 국가 R&D 과제인 **‘OOO 플랫폼 개발’**의 총괄 책임자로서, 기술 교류를 위해 지방으로 출장을 갔다. B팀장은 ‘회사를 대표하는 팀장인데 이 정도는 괜찮겠지’라는 생각에, 좀 더 편안한 KTX 특실(11만 원)을 이용하였고, 새로 생긴 시내 중심가의 호텔(1박 15만 원)에 숙박하였다. (해당 구간 KTX 일반실은 7.5만 원이었다.)

출장 복귀 후, B팀장은 실제 사용한 영수증(KTX 11만 원, 숙박비 15만 원)을 첨부하여 과제 연구비로 경비 처리를 요청했다.

[관련지침]
국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준[시행 2025. 3. 6.] [과학기술정보통신부고시 제2025-9호, 2025. 3. 6., 일부개정]
제21조(연구개발비 공통 계상기준) ① 연구개발기관의 장은 직접비로 해당 연구개발과제 수행에 필요한 금액을 계상하여야 한다.
③ 연구개발기관의 장은 제1항ㆍ제2항에 따른 계상이 필요한 금액을 산출하기 어려운 경우, 연구개발비 사용에 관한 자체규정에 따라 해당 금액을 계상하여야 한다. 이 경우 자체규정에 따라 국가연구개발사업에 적용되는 금액이 그 외의 경우에 적용되는 금액보다 높아서는 아니 된다.

제25조(연구활동비 공통 사용기준)
⑥ 연구개발기관의 장은 출장비를 다음 각 호에 따라 계상하여야 하며, 연구개발과제 수행을 위해 소속기관 이외의 기관으로 파견 또는 소속기관으로 전보되는 인력에 대한 파견ㆍ전보ㆍ주거 관련 지원 비용을 계상하려는 경우에는 중앙행정기관의 장의 인정을 받아야 한다.
1. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원인 경우: 「공무원 여비 규정」에 따라 계상
2. 참여연구자ㆍ연구근접지원인력이 공무원이 아닌 경우: 연구개발기관의 자체규정 또는 「공무원 여비 규정」중 선택하여 계상

[정산결과]
출장비는 수행기관 규정에 따라 계상되어야 하므로 규정을 초과하여 집행된 출장비에 대해 초과분 불인정

사례. 기술도입비 중복집행
동일한 기술에 대한 중복 집행

[관련지침]
국가연구개발혁신법 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
[시행 2025. 2. 28.] [법률 제20354호, 2024. 2. 27., 일부개정]
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
④ 연구개발기관의 장은 연구개발비로 다음 각 호에 해당하는 비용을 계상하여서는 아니 된다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 중복계상으로 발생하는 비용
가. 동일한 비용을 2회 이상 중복계상
나. 동일한 비용을 현금과 현물로 중복계상
다. 동일한 비용을 직접비와 간접비로 중복계상
[정산결과]
중복사용액 불인정

사례. 단계종료일 이후에 해당하는 학회 연회비
연구개발 단계 종료일 이후 기간의 학회 연회비를 결제함.

[관련지침] 국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준
제21조(연구개발비 공통 계상기준)
① 연구개발기관의 장은 직접비로 해당 연구개발과제 수행에 필요한 금액을 계상하여야 한다.

[정산결과]
연구개발과제 수행기간에 포함되지 않는 학회 연회비 불인정